In Reef Project nemen spelers de rol aan van onderzoekers en redders van de oceaan.
Bevaar de zee, huur bemanning in, verken het koraalrif en probeer het in een gezonde staat te herstellen. Hiervoor moet je jouw hulpbronnen en energie efficiënt beheren. Ontdoe de oceaansectoren van vervuiling en volbreng zo veel mogelijk missies.